È la più completa raccolta umbra di opere comprese tra il ’200 e l’800, di provenienza perlopiù ecclesiastica. Tuttavia lo stretto rapporto che legò la vita religiosa a quella civile per tutto il Medioevo e l’età moderna rende il percorso museale come una delle testimonianze artistiche più alte sia della storia regionale, che di quella nazionale.

Le tendenze artistiche dei secoli XVII e XVIII sono rappresentate da artisti come Orazio Gentileschi, Pietro da Cortona, Valentin de Boulogne, Pierre Subleyras, Antonio Amorosi e Corrado Giaquinto. Nella Pinacoteca sono inoltre organizzate diverse sezioni speciali, di raccolte di tessuti, documenti e carte topografiche, e un Tesoro di oggetti preziosi provenienti da musei civici e da chiese perugine.


Sono da ricordare le opere di protagonisti dell’arte medievale e rinascimentale, come il Maestro di San Francesco, Arnolfo di Cambio, Duccio di Buoninsegna, Gentile da Fabriano, Beato Angelico, Piero della Francesca. Molti i capolavori di Pietro Vannucci detto il Perugino, dei suoi seguaci e di artisti locali, tra cui spicca Bernardino di Betto, detto il Pintoricchio. Si segnala la cappella dei Priori, affrescata da Benedetto Bonfigli con episodi della vita di sant’Ercolano e san Ludovico di Tolosa, un brano di storia e di urbanistica locale.