La chiesa di Santa Maria delle Grazie è il santuario mariano della diocesi nato dal fatto prodigioso della guarigione di un fanciullo paralitico, avvenuta il 25 marzo 1609, giorno dell’Annunciazione. 
Non molti lo conoscono come santuario: il periodo carmelitano portò la chiesa ad essere identificata come Santa Teresa, in onore della fondatrice dei Carmelitani Scalzi. 
Fuori dalla Porta di Santa Giustina, lungo la via per Piacenza, dopo il contagio del 1577 era stata eretta (1578) una cappella dedicata alla Madonna. Si trattava di «una picciola cappelletta che al di fuori aveva un’imagine di San Sebastiano Martire e di San Rocco». 
Qui il 25 marzo 1609 Agostino Rattazzi, un bambino paralizzato dalla nascita, si rivolge alla Vergine e viene guarito miracolosamente. 
Il vescovo Giovan Battista Biglia pensa allora alla costruzione di un santuario mariano. Il fondo viene acquistato con le 537 lire imperiali raccolte dalla città e dai fedeli. Grazie alle consistenti offerte dei devoti si può procedere rapidamente: il 5 agosto del 1609 il vescovo pone la prima pietra per la nuova chiesa a poca distanza da un’altra ora scomparsa dedicata a San Guglielmo.
Nel giro di pochi anni la costruzione è quasi completata e, per la sua collocazione esterna alle mura della città, viene definita «la Madonna di fuori». 
Nel 1618 il vescovo Fabrizio Landriani affida la chiesa ai Carmelitani Scalzi, che, a partire dal 1627, provvedono alla costruzione del convento. 
Il presbiterio con l'altare neoclassicoDa loro verrà dedicata una cappella a Santa Teresa d’Avila, la mistica carmelitana a cui si deve la riforma dell’Ordine. Questa presenza diventa determinante nel consolidare la denominazione popolare di «chiesa di Santa Teresa», che ancora oggi nell’uso corrente si sostituisce all’intitolazione ufficiale. 
Con le soppressioni, nel 1799, i Carmelitani vengono allontanati. In seguito anche la chiesa viene chiusa e destinata ad altri usi in vista, forse, di una demolizione.
Nel 1823 il vescovo Luigi Tosi la riacquista dal demanio e nel 1824 la riapre al culto. 
Nel 1897 il vescovo Agostino Riboldi la affida ai Salesiani. Il passaggio comporta l’inserimento di una diversa tradizione religiosa, con nuove devozioni, che si affiancano, e talvolta si sovrappongono, alle precedenti. Nel 1942 il santuario diventa parrocchia.