Il Museo Nazionale dei Trasporti è un'associazione fondata nel 1986 da vari soggetti, sia privati che pubblici. Tra i promotori erano presenti aziende di trasporto pubblico, banche e industrie del settore mezzi di trasporto.

La sua specializzazione iniziale erano i mezzi pubblici su gomma, in particolare filobus, di cui era stato iniziato il restauro e la conservazione e che avevano raggiunto la considerevole cifra di 20 diversi esemplari, facendo dell'ipotizzato museo il più grosso centro della memoria per tale tipo di veicolo.

In seguito l'interesse si è rivolto anche al settore ferroviario, con la rimessa in funzione di un treno storico dotato di locomotiva a vapore degli anni venti, che effettua servizio turistico nella zona della Lunigiana.

La parte museale dedicata al trasporto su rotaia è stata inaugurata nel 2003, ma nata già nel 1991, e comprende le locomotive E.626.294 (1937), a vapore 740.278 (1922) ambedue funzionanti e a vapore 640.004 da riattare. Inoltre anche alcuni carri ferroviari e vetture tranviarie. Essa è situata nelle immediate adiacenze della stazione ferroviaria di La Spezia Centrale, negli edifici dell'ex Squadra Rialzo.

In attesa di una sistemazione definitiva, prevista in un deposito dismesso dell'azienda pubblica della Spezia, il museo è dedito soprattutto ad esposizioni esterne in occasione di manifestazioni del settore trasporti e solo una parte dei veicoli in dotazione può essere visitata in una sede provvisoria presso l'azienda dei trasporti spezzina.