El complejo fue construido en 1418 con una donación hecha por Carlo Malatesta, gobernante de Rimini de 1385 a 1429, que tenía una residencia de campo en los alrededores. La iglesia y el monasterio fueron confiados a los agustinos de San Pablo, el primer mártir de Hungría, que se recordaron inexplicablemente a Hungría en 1420. Carlo luego asignó el complejo a los benedictinos del Monte Oliveto Maggiore, propietario de la abadía y sus propiedades hasta 1797, cuando Fueron expulsados ​​durante las supresiones napoleónicas.

Los Olivetans agrandaron y alteraron grandemente la abadía. La iglesia original fue reconstruida y realzada con numerosas obras de arte. La fachada vista hoy lleva los brazos de Roberto Malatesta, el gobernante de Rimini de 1468 a 1482, pero el techo con paneles con los brazos de Carlo Malatesta en el centro es de una fecha posterior. Las dos capillas laterales, que actualmente se usan como sacristías, se agregaron a principios de 1500, y la de la derecha fue pintada en fresco por Girolamo Marchesi da Cotignola. Giorgio Vasari (1511-74), que visitó la abadía para hacer una copia de su "Le vite de 'più eccellenti architetti, pittori et scultori italiani, da Cimabue insino a' tempi nostri", pintó un retablo para los monjes en 1547 -48 que muestra la Adoración de los Magos, que ahora cuelga en el coro. Después de que se suprimió la orden de los Olivetanos, a la iglesia se le dio el título de la Iglesia Parroquial de San Fortunato, transferida de una iglesia más antigua más abajo en la colina.

Todo el complejo fue dañado seriamente en la Segunda Guerra Mundial, y no ha sido completamente reconstruido.