Collegato al complesso di San Pietro e alla Facoltà di Agraria, sul luogo dell’antica peschiera dei Benedettini, dal 1996, l’Orto Medievale propone una rivisitazione delle specie coltivate nel Medioevo secondo il loro significato simbolico.

L'ingresso all'Orto medievale situato all'interno del complesso abbaziale è raggiungibile dopo aver attraversato un chiostro e un breve androne dove un tempo si trovavano gli ingressi alla celleraria e la dimora del Padre Cellerarius. La prima parte dell'Orto simboleggia il Paradiso terrestre, ed è una libera ricostruzione del giardino dell'Eden. Il giardino delimitato da una bassa siepe di sempreverde (Buxus sempervirens L.) ha una forma ellittica, questa forma non è casuale poiché rappresenta "l'uovo cosmogonico" la cellula primordiale progenitrice di ogni essere vivente, il seme da cui derivano tutte le Creature. L'ellisse Uovo è infatti circondato da acqua (i quattro fiumi dall'Eden Ghicon, Pison, il Tigri e l'Eufrate) che alludono al liquido amniotico da dove si è originata la vita.

L'ellisse è attraversata da un viale principale intersecato ortogonalmente da un vialetto trasversale più corto che originatosi da una ipotetica uscita simbolica del monastero è diretto verso i Giardini del Frontone quasi ad indicare il rapporto costante del monastero con il mondo esterno. I due assi così disposti originano una croce che taglia il giardino in quattro quadranti ciascuno dei quali è stato ulteriormente diviso in tre settori con una siepe di (Rosmarinus officinalis L.) per un totale di dodici spicchi contenenti ciascuno i 12 segni zodiacali e le piante caratteristiche di quel segno. L'asse principale della croce congiunge l'albero della Vita (Magnolia grandiflora L.) con l'albero della Rivelazione (Ficus ruminalis L.) che rappresentano simbolicamente i due punti estremi, rispettivamente Cielo e Terra, il Divino e il Terrestre. Al centro dell'Eden, sopra un monte simbolico, è posto l'Albero della scienza e della luce (Olea europea L.) dal monte sgorgano quattro sorgenti che simboleggiano i quattro elementi che hanno nutrito l'umanità: l'acqua, il latte, il miele, e il vino. Uscendo dall'Eden dopo aver percorso un breve tratto in discesa si trova il Lucus o bosco sacro; il bosco monastico ebbe il significato simbolico di bosco sacro poiché considerato un luogo dove poter sostare e meditare e dove poter rivivere lo stato eremitico primordiale. I monaci Benedettini seppero inoltre sfruttare in maniera razionale i boschi che circondavano spesso i monasteri o erano parte integrante di essi, ed è grazie a loro che alcuni biotipi di rilevante interesse naturalistico sono giunti sino a noi. Degli alberi presenti nel Lucus alcuni centenari poiché ereditati dal vecchio orto Monastico e da quello botanico successivamente possiamo ricordare "Il Signore degli alberi" (Cedrus libani Barrel) "L'albero delle fragole" (Arbutus × andrachnoides Link) "L'albero della gloria" (Laurus nobilis L.); "L'Albero del Giudizio" (Tilia europaea L.) e "L'Albero dell'eterna giovinezza" (Ginkgo biloba L.). Il percorso conduce poi alla terza parte dell'Orto medievale dove è stato ricostruito l'Orto monastico con l'Hortus sanitatis, l'Hortus holerorum, l'Aromatarium ed il Pomarium dove le specie medicinali, alimentari e aromatiche sono collocate in aiuole rettangolari circoscritte da alberi da frutto e disposte ai lati di un vialetto rettilineo. L'Hortus sanitatis in particolare rappresenta una piccola ricostruzione dell'Orto dei Semplici presente in tutti i monasteri medievali e dove venivano collezionate le specie utilizzate a vario titolo nella cura delle malattie. La cura dei malati fu infatti una delle principali attività dei monaci Benedettini che crearono per questo anche apposite strutture assistenziali gli "Hospitia".

L'etichettatura delle oltre duecento specie presenti nell'Orto riporta il nome volgare in uso nel medioevo utilizzando come principale fonte storica il Regimen sanitatis e la Flos Medicinae della Scuola Medica Salernitana, che in quel periodo divenne uno dei maggiori centri di studio della penisola, dettando criteri fondamentali di terapia igiene e nutrizione seguiti dai medici per secoli.
All'interno dell'Hortus holerorum, dedicato alle piante alimentari sono presenti sette aiuole che simboleggiano i setti pianeti dell'antichità (Sole, Luna, Mercurio, Venere, Marte, Giove, Saturno) e indicano l'importanza che si supponeva avesse l'influsso astrale sui ritmi biologici delle piante. Risalendo lungo le mura di cinta in laterizio si giunge al Podium che è ciò che rimane di un vecchio torrione delle mura cinquecentesche dal quale si gode un bel panorama sulla Valle Umbra, su Assisi, sul Subasio e sull'Appennino umbro marchigiano e dove una tavola di orientamento presente aiuta nella ricerca delle località. Scendendo dal Podium incontriamo il "Theatrum" una struttura semicircolare utilizzata come aula didattica all'aperto e posta sugli scavi effettuati per mettere in luce i resti di una antica peschiera dove i monaci praticarono la pescicoltura per uso interno e per le elemosine. Uscendo dal Hortus conclusus percorrendo la vecchia via etrusco-romana di accesso a Perugia si giunge sino all'antica porta medievale di Perugia, risalente probabilmente al XIII secolo e costruita a sesto acuto in pietra calcarea di Lacugnano o di Assisi con due torri quadrilatere in posizione avanzata di cui quella di destra è stata utilizzata come pilone di appoggio per l'ampliamento cinque-seicentesco del complesso monastico. Dietro la porta percorrendo una breve salita, "La salita di Yggrdrasil", si ritorna a livello di partenza davanti ad una vasca "La vasca dell'Ovulazione cosmogonica" di forma ovale popolata da ninfee. Di fronte alla vasca dell'ovulazione è poi in terrazzo raggiungibile salendo qualche gradino da cui si possono ammirare i giardini del frontone e il tratto iniziale del percorso simbolico. L'Uscita dall'orto medievale si apre sul chiostro delle Stelle così chiamato per la presenza di otto forazze stellate e progettato da Galeazzo Alessi, il più noto architetto perugino del XVI secolo.