Der erste jüdische Friedhof in Bologna zwischen der Baraccano-Kirche und der Kirche San Pietro Martire wurde 1569 nach der Vertreibung der Juden aus der Stadt geschlossen. Um keine Spuren zu hinterlassen, wurde der Friedhof an die San Pietro-Nonnen abgetreten und anschließend völlig zerstört. Die vier Grabsteine ​​des mittelalterlichen Museums stammen aus dieser antiken Stätte.

Besonders hervorzuheben ist der Grabstein von Shabatài Elkanàn aus Rieti, der ein seltenes Beispiel jüdischer figurativer Kunst ist, da die Regel, dass die Herstellung von geschnitzten Bildern verboten ist, nicht beachtet wurde. Auf der Vorderseite befindet sich auf einer rustikalen Basis eine Büste eines jungen Mannes, der eine Schriftrolle mit einer Inschrift in jüdischen Schriftzeichen hält. Auf der Rückseite befindet sich ein flacher Reliefkopf, der einen poetischen Text auf Hebräisch hält, und zwei geformte geflügelte Putten schmücken die Seiten. Diese Steine ​​sind wichtige Zeugnisse nicht nur für die Grabkunst, sondern auch für den jüdischen Schreibstil der Zeit.
Der heutige jüdische Friedhof, gegründet 1869, befindet sich auf dem Certosa Monumentalfriedhof von Bologna.