Situato presso Villa Mazzini, l'acquario fu costruito agli inizi degli anno ’60 dall’Istituto Sperimentale Talassografico di Messina (Istituto che rappresenta, insieme all’acquario di Napoli, l’unica struttura scientifica di questo genere nell’Italia meridionale). Nell’acquario sono presenti circa settanta diverse specie di pesci, molluschi, crostacei e rettili del Mediterraneo, ospitate in ventidue vasche alimentate a circuito aperto con acqua di mare proveniente direttamente dallo Stretto di Messina.