L'area dove sorge ora il museo, dalla metà del ‘500 alla fine del '800, ospitava la sede del Teatro di Corte dei Gonzaga e poi dell'impero asburgico. L'edificio si rifà alla Scala di Milano, adattato alle circostanze del sito, dove l’angustia dell’area circoscritta dai muri già esistenti delle altre fabbriche impedì la costruzione dei camerini addetti ai palchi e conferì alla cavea una forma allungata. Dopo l’Unità d’Italia, l’edificio che era fruito ormai saltuariamente e privato di manutenzione, fu messo in vendita dal Demanio e acquistato dal Comune di Mantova nel 1896 che lo destinò a Mercato dei Bozzoli dei bachi da seta e successivamente, nel 1930, al commercio ortofrutticolo. Donato dal Comune di Mantova al Ministero per i Beni e le Attività Culturali cominciò la ristrutturazione con l'obiettivo di conservare le caratteristiche ambientali e architettoniche di un notevole esempio di architettura paleoindustriale di fine '800, mantenendone l’aspetto esterno originario, e la trasformazione in museo archeologico destinato a raccogliere opere rinvenute in città ed altre provenienti dai numerosi siti archeologici della provincia mantovana. Lo spazio all’interno è stato tagliato orizzontalmente da tre solai, con affacci sull’interno e sull’esterno, in modo da non perdere la percezione dell’edificio originario. Dato che i lavori sono tuttora in corso, dei futuri quasi 2000 mq di esposizione ne sono aperti al pubblico solo 200, rappresentati dalle sale di esposizione temporanea. Qui, dal 1998, è visitabile la mostra permanente "Archeologia dal territorio mantovano" , che si propone come sintesi del futuro museo. L’ingresso è attualmente posto in piazza Castello. Le collezioni del museo comprendono materiali neolitici, dell’età del bronzo, etruschi, veneti, celtici, romani, longobardi, goti, medievali e rinascimentali.