La presenza dei francescani a Lucca divenne subito rilevante a partire dal 1228, la chiesa fu però ricostruita e ampliata nel XIV secolo. All'interno della chiesa sono di grande interesse i chiostri con tombe medievali presenti lungo il fianco nord e la sacrestia del XIII secolo con un pilastro centrale adibito a sorreggere le volte.
La chiesa è sede del monumento funebre a Giovanni Guidiccioni (1500-1541) vescovo, poeta ed umanista. E presente inoltre la lapide in memoria di Castruccio Castracani degli Antelminelli, illustre cittadino e condottiero lucchese.
Nella cappella a destra dell'altare maggiore vi sono i resti del monumento funebre di Ugolino Visconti, governatore di Pisa, scacciato dal nonno Ugolino della Gherardesca (1288). Il suo cuore e le sue viscere erano conservati in uno scrigno che finì poi perso durante i lavori di ristrutturazione della Cappella, avvenuti nel 1746.
Ricordato anche da Dante Alighieri nel VII del Purgatorio, per rendere onore a Ugolino Visconti è stata posta nella Chiesa di San Francesco una targa in latino che comincia con le parole "Qui è il cuore illustre del nobile Ugolino, giudice di Gallura...".
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