Le Musée de paléontologie de Naples est le plus récent des quatre membres du Centre de sciences physiques et naturelles de l'Université Federico II.
Il a été créé en 1932 bien que des collections de fossiles fussent conservées au Musée royal de minéralogie de Naples même avant cette date, au XIXe siècle. Aujourd'hui, il est situé dans le cloître des saints Marcellino et Festo.
Expositions diverses collections: poissons fossiles de Giffoni Vallepiana, Pietraroia et Castellammare di Stabia, mammifères (comme un crâne de jeune Elephas antiquus italicus), palmier fossile, reptiles marins et reptiles volants.
Depuis 1996, un spécimen de fossile d'Allosaurus fragilis d'Amérique du Nord, très bien conservé, est conservé.
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