El Museo de Historia Natural de la Academia de Ciencias de Siena llamado de 'Fisiocritici se originó con la fundación de la Academia (1691).
El Museo se llama Historia Natural porque incluye hallazgos de los tres principales reinos de la naturaleza: animal, vegetal y mineral.
El Museo nació y se desarrolló a partir de finales del siglo XVII, principalmente gracias a los regalos de las colecciones de estudio de muchos Fisiocritici y amantes de las ciencias naturales.
El propósito de las colecciones fue investigar y mostrar públicamente la verdad de los fenómenos de la naturaleza.

Los hallazgos crecieron con las colecciones de Giuseppe Baldassarri (1705-1785), médico y profesor de Historia Natural de la Universidad de Siena, así como del Superintendente de la colección de Historia Natural de la Academia y presidente de la misma hasta su muerte. .
A estas se añadieron las colecciones de Biagio Bartalini (1750-1822) que le sucedió en la cátedra y en el cuidado del Museo.
El Museo tomó consistencia en la segunda mitad del siglo XVIII, enriqueciéndose con el tiempo a través de donaciones; Recopila colecciones en su mayoría del sur de la Toscana.
Alrededor de 1970 el Museo fue restaurado conservando la exposición del siglo XIX; Constantemente se hacen mejoras para una mayor usabilidad educativa.
Desde 1996 forma parte del Sistema de Museos Sienese, hoy la Fundación de Museos Sienese.